Existen tres tipos de descargas:

-Bootstrap

Es la descarga más común. En ella se incluye todo lo necesario para su uso sin incluir los archivos fuente originales

-Source

Incluye el código fuente: Less, JavaScript y demás ficheros. Requiere un compilador Less y cierta configuración

-Sass

Bootstrap exportado de Less a Sass para una fácil inclusión en Rails, Compass o proyectos "Sass-only"

Para la mayoria de usuarios el primer tipo de descarga será la mejor opción

Bootstrap